哥斯拉围绕的是在1954年的时候，美国因为制造核武器，从而发现了一只远古怪兽，这只怪兽破坏能力极强。为了将其消灭，美国联合了世界上很多国家的科学家，所展开了帝王计划。1999年的时候，菲律宾一个地方发生了地震，研究者芹泽市朗前去调查，结果在一个坑中发现了虫形怪兽的的实话卵囊，还发现了已经孵化的怪兽。同年日本的一家核电厂，因为地震而引发泄漏，工程师乔布罗迪的妻子遇难。
15年过去之后，乔布罗迪的儿子福特，已经成为美国的海军中尉，专长是拆弹爆破。在某一天的时候，他接到了远方的电话，他的父亲因为上床废核电厂被逮捕，需要亲人前往保释。在家父亲保释出来了之后，福特跟父亲联合起来，共同去发现哥斯拉背后所隐藏的巨大秘密。
