天赋异禀的六扇门女捕头袁今夏由于一宗案件和性格阴狠的锦衣卫陆绎结下梁子，今夏本以为今生与他再无交集，怎奈冤家路窄。朝中十万两修河款洗劫一空，今夏奉命帮助陆绎一同下扬州查案，替朝中找到丢失的官银。原是道不同不相为谋，却因惊人密案联合。两个人从势同水火到另眼相看再到情难自已，命运的齿轮自此旋转在一块。然而造化弄人，今夏居然是当初夏然案的遗孤，身负家族血仇的她与陆绎之间横生了不能跨越的鸿沟。最终，两个有情人经历磨难，为救老百姓、抗倭寇、锄奸人，卸下家族冤仇，联合对敌，突破世俗枷锁，勇敢地走到了一起。
《锦衣之下》大方向与小说相同，但细节上的变动颇大。编剧丰富了大量的案件小细节，将案件复杂化了。这种策略的一大作用是，以探案为媒介，增多男女主角互动。另一个作用是，铺开叙事线索，让几个主要人物逐一登场。
