第44集
伊丽莎白已经知道照片里的女孩就是她自己，而她的母亲是一个传奇般的俄罗斯女间谍。伊丽莎白被诬陷破坏国家情报机构及用生化病毒谋杀参议员霍金斯，诬陷她的正是利益集团组成的“秘社”。（详见第20、21集）现在伊丽莎白的办公室正被搜查，电话里，雷丁顿告诉伊丽莎白，她现在已经完全被秘社掌控，有理也说不清，想留下来证明清白只会是徒劳的，唯一的办法就是逃出FBI再想法收集证据。伊丽莎白还是寄希望于库珀能保护自己，但在库珀办公室外，她偷听到库珀与康诺利的对话。康诺利那套伊丽莎白是俄罗斯间谍女儿，与雷丁顿合作扩大犯罪帝国的说辞，让库珀完全无法反驳。知道库珀对自己的事也无能为力，伊丽莎白还是听从了雷丁顿的建议。办公室里，康诺利还有曾做伪证、泄密及库珀的妻子（第20集内容），甚至用脑瘤试验威逼库珀配合调查伊丽莎白。愤怒的库珀把药丢给康诺利，不想再受制于这个卑鄙小人。康诺利遂让库珀停职休假，直到调查结束。此时在事发现场化验病毒携带者的莱斯勒和纳瓦比（第21集内容）也发现了伊丽莎白很可能是携带致命病毒并感染参议员的嫌疑人。在联系雷丁顿想逃出FBI的伊丽莎白，刚出电梯就被康诺利堵个正着。监禁室里，伊丽莎白声称自己被秘社陷害，却没人相信。一个个证据都证明伊丽莎白是潜伏在FBI的俄罗斯间谍。只有司法部的赖特相信库珀的为人，库珀被停职反而让她产生怀疑。因此赖特任命莱斯勒为此案的代理主管。此时伊丽莎白的检血报告出炉，显示她的血液里的确有杀死霍金斯议员的病毒。这让莱斯勒感觉很棘手。心里愤怒难平的库珀找到雷丁顿。雷丁顿戳破了他想走司法途径解救伊丽莎白的幻想，只有用非法手段才能救伊丽莎白出来。FBI内部的所有电源，包括备用电源都被雷丁顿在电力公司的朋友切断。系统重启到监控摄像头恢复，这中间有90秒时间，在这段时间里伊丽莎白被内应救出监禁室，再由库珀电话指挥走紧急通道，最后有邓比在外接应。虽然中间碰到了莱斯勒，但莱斯勒假装被打倒，让伊丽莎白逃离。伊丽莎白与雷丁顿和库珀碰头，三人研究伊丽莎白是如何被感染上病毒。伊丽莎白思来想去，只有在联合车站被“狼蛛”袭击时（第21集内容）最有可能。雷丁顿让伊丽莎白到车站想办法拿到当时的监控，自己则要去准备另一场战斗。伊丽莎白在库珀的配合下取得了当天袭击自己的人的脸部照片，是病毒学家里奥·安德罗波，而并非之前认为的“狼蛛”（第21集内容）。正要着手寻找安德罗波时，库珀接到律师电话，称沙琳因向媒体泄密而被调查（第21集内容）。伊丽莎白只能独自找到饭店老板安东·威乐（第21集内容），询问安德罗波的下落。而对于伊丽莎白母亲凯特琳娜·罗斯托娃的事，安东闭口不谈。伊丽莎白知道是雷丁顿授意安东不要说。伊丽莎白找到住在游艇里的汤姆，请他帮忙寻找安德罗波。在安东所说的安全屋里，两人没来得及阻止安德罗波逃跑。经过一场马路追逐后，安德罗波在撤离点被自己人灭口，最后一个能证明伊丽莎白清白的人也死了。所幸伊丽莎白在安全屋里找到一个U盘，里面竟然是库珀的病历资料。得知自己的主治医生莱温居然是为秘社服务，愤怒的库珀冲进莱温的办公室，掐着他的脖子质问他所谓的试验是不是根本就不存在。莱温只能交待库珀完全健康，病历都是伪造的，疾病反应都是药物作用，感觉好转只是减轻药量而已。这些都是安德罗波设计的。雷丁顿的另一场战斗开始了，他劫持了世界上最优秀的十几名调查记者，向他们展示了支点里，几十年来那些有权有势的权贵们所参与的阴谋，这些权贵形成的组织被称为“秘社”。雷丁顿希望他们能调查、挖掘这些真相并向世人公开，但也警告他们期间巨大的风险是不可避免的。库珀掌握了康诺利威胁莱温医生伪造病例的证据，立刻与伊丽莎白一起找到康诺利，要他停止现在所做的一切，还伊丽莎白清白，解除对沙琳的指控，恢复库珀的职务，叫“主任”不要再去动雷丁顿，否则就将证据提交给FBI。康诺利不屑一顾的嘲笑两人。他现在已经被任命为司法部长，整个司法部门都在他的掌握之下，根本不惧任何威胁，甚至可以轻而易举的让行动小组成员全部入狱。忍无可忍的伊丽莎白开枪打死了这个伪君子。在康诺利倒下的瞬间，伊丽莎白想起火灾当晚发生过同样的情形，那天是自己开枪杀死了在伤害母亲的人——自己的父亲。随后伊丽莎白就像当年一样，惊慌的逃离。在指定地点，雷丁顿找到伊丽莎白。伊丽莎白知道雷丁顿封闭她的记忆并不肯说出真相，都是为了保护她不受这段痛苦记忆的折磨。雷丁顿像父亲般安慰伊丽莎白，希望她不要被痛苦折磨，变成像他一样的人。随后雷丁顿带着伊丽莎白开始逃亡。而伊丽莎白也被FBI列为首要逃犯，被全球通缉。库珀交出证件接受调查。“主任”翻开报纸即看到头版上有关秘社阴谋的报导。汤姆开着游艇离开码头。莱斯勒、纳瓦比和阿兰姆则要开始对伊丽莎白进行调查。(第二季本季终)
